Le Centre d'Enseignement Supérieur (CES) de Niamey, devenu par la suite Université Abdou Moumouni, est une émanation de la Loi n° 71-31 du 6 septembre 1971. Sous la tutelle du Ministère de l'Éducation Nationale, de la Jeunesse et des sports, il était administré par un Conseil d'Administration et dirigé par un Directeur nommé par décret. À l'époque, le centre ne disposait que de deux composantes :
- un Institut Pédagogique ;
- une École Supérieure des Sciences.
Le CES de Niamey prendra le titre d'Université le 20 septembre 1973 par la Loi n° 73-23. La désormais Université de Niamey sera administrée par un Conseil de l'Université et dirigée par un Recteur nommé par décret. Le 3 octobre 1973, l'arrêté n° 044/MEN/JS/CAB apporte un premier changement à l'Université de Niamey en ce qui concerne ses composantes. C'est ainsi que l'Institut Universitaire de Formation Pédagogique (IUFP) remplace l'Institut Pédagogique. Mais c'est surtout pendant l'année 1974 que s'opère un changement profond dans le paysage de l'Université de Niamey. En effet, les décrets 74-108/PCMS/MEN/JS du 28 mai 1974 et 74-262/PCMS/MEN/JS du 1er octobre 1974 consacrent la création d'écoles et d'instituts. Ainsi furent créés :
- l'École des Lettres, qui deviendra la Faculté des Lettres et des Sciences Humaines (FLSH) ;
- l'École Supérieure d'Agronomie, l'ancêtre de la Faculté d'Agronomie (FA) ;
- l'École de Pédagogie, l'actuelle École Normale Supérieure (ENS) ;
- l'École des Sciences, qui a évolué en Faculté des Sciences et Techniques (FAST) ;
- l'École des Sciences de la Santé, qui prendra le nom de Faculté des Sciences de la santé (FSS) ;
- l'Institut de Recherche sur l'Enseignement des Mathématiques (IREM) ;
- l'Institut des Radios-Isotopes (IRI) ;
- l'Institut de Recherche en Sciences Humaines (IRSH).
À partir de 1984, l'Université de Niamey, sous la tutelle cette fois-ci d'un Ministère de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche, prend une nouvelle physionomie. Par décret d'application n° 84-8/PCMS/MES/R du 12 janvier de la même année, les écoles deviennent des Facultés. Actuellement, ces facultés sont administrées par des Doyens élus et des Conseils de Faculté sous l'autorité du Recteur lui-même élu.
Au mois d'août de l'année 1992, l'institution est baptisée Université Abdou Moumouni en hommage à feu le Professeur Abdou Moumouni Dioffo : enseignant-chercheur et ancien Recteur de l'Université de Niamey.
À partir de la rentrée 2016-2017, une restructuration scinde l'une des composantes de l'Université Abdou Moumouni, en l'occurrence la FSEJ en 2 structures indépendantes :
- la Faculté des Sciences Économiques et de Gestion (FSEG) ;
- la Faculté des Sciences Juridiques et Politiques (FDSP).
