L'Université Abdou Moumouni comprend :
- la Faculté d'Agronomie (FA) ;
- la Faculté des Sciences et Techniques (FAST) ;
- la Faculté des Lettres et Sciences Humaines (FLSH) ;
- la Faculté des Sciences de la Santé (FSS) ;
- la Faculté des Sciences Économiques et de Gestion (FSEG) ;
- la Faculté des Sciences Juridiques et Politiques (FSJP) ;
- l'École Normale Supérieure (ENS) ;
- l'Institut de Recherche sur l'Enseignement des Mathématiques (IREM) ;
- l'Institut de Recherche en Sciences Humaines (IRSH) ;
- l'Institut des Radio-isotopes (IRI).