La Faculté d'Agronomie est créée en 1974 sous l'appellation de « École Supérieure d'Agronomie » (ESA) ; elle devient « Faculté d'Agronomie » (FA) en 1984 (l'ordonnance N° 84-03 du 12 janvier 1984) ; l'arrêté n° 005/MES/R/UN du 07 janvier 1985 fixe l'organisation, le fonctionnement et les dispositions propres à la Faculté d'Agronomie. Elle formait des étudiants dans deux filières :
- la filière des Ingénieurs des Techniques Agricoles (ITA) : les études durent au total quatre ans, toutes ces années se passent à la Faculté d'Agronomie ; cette filière s'est arrêtée en 2012.
- la filière des Ingénieurs Agronomes (IA) dont les deux premières années se passent à la Faculté des Sciences, les deux dernières à la Faculté d'Agronomie. Ce cycle est aujourd'hui fondu dans le L.M.D.
Il a été créé, en 1989, une année de spécialisation, dite « 5e année », sur la thématique « Protection de l'Environnement et Amélioration des Systèmes Agraires sahéliens ».
Cette spécialisation est assurée par le Centre Régional d'Enseignement Spécialisé en Agriculture (CRESA), avec l'appui financier de l'AUPELF-UREF, actuelle AUF. Le CRESA accueille des étudiants originaires des pays membres de la CEDEAO, de la Guinée, du Cameroun et de la République Centre Africaine. Ce centre a bénéficié en 2005 du Prix International de la Qualité et de l'Excellence attribué par le Business Initiative Direction (BID) à Madrid en Espagne et est promu, en 2006, « Centre d'Excellence Régional (CER) de l'UEMOA ».
Depuis 2008, la FA forme aux diplômes de licence, Master et Doctorat en Agronomie.
